朝廷对于西藏的治理，是通过驻藏大臣完成的。驻藏大臣拥有西藏一切重要事务的最后决定权，但并不直接管理藏政，说到底，朝廷对西藏的治理，是一种间接的治理。
这是一种低水平的治理，西藏出现了什么问题、矛盾，必须累计到将近爆发的时候，甚至到爆发之后，才能被发现，并着手解决。就算问题最终得到解决，损失也已经造成，事倍功半，代价过重。
还有，如果西藏内部出现了对朝廷的离心力，也不能及时发现，未雨绸缪，预为之备。
改革西藏官制，关卓凡定下两个原则：一，改间接治理为间接治理、直接治理并举；二，削弱黄教寺院集团在政府中的影响力。
先说第一个。
仿朝廷的六部，改革噶夏政府。四噶伦增加到六噶伦，犹如六部堂官，两正四副，其中，一正二副为藏人，正噶伦为僧噶伦，副噶伦为俗噶伦；另一正二副，则或汉或满，由朝廷委派。这个情形，被称为“半朝半藏”，亦仿佛六部堂官的满、汉各半。
朝廷一伸手，就拿走了噶夏政府一半的行政权，藏人“自治”的权力，自然是被大幅度削减了。不过，僧噶伦名正言顺变成正噶伦，又似乎巩固了寺院集团的势力，一班藏人上层，面对新官制，面面相觑，五味具陈。
新噶夏政府，名义上，一如其旧，位居摄政之下；副噶伦亦位居正噶伦之下。可是。即便黄口小儿。也晓得。摄政如何支使得动“朝噶伦”?正职的“藏噶伦”又如何支使得动副职的“朝噶伦”？副职的“朝噶伦”，只有正职的“朝噶伦”才支使得动，而正职的“朝噶伦”，自然是越过摄政，直接对驻藏大臣负责的。
则新官制之下，摄政的权力，也被间接地削弱了。
噶厦下面，有两个最重要的机构。一个叫“译仓”，相当于秘书处，主事者为两名四品僧官；一个叫“孜康”，相当于审计处，主事者为三名四品俗官。同时，这两个机构也兼组织处的功能，“译仓”管理僧官，“孜康”管理俗官。
新官制中，“译仓”和“孜康”的主事官员，统统增加到四名。各为“二朝二藏”。这样一来，噶厦政府三项最重要的办事权——文秘机要、财政赋税、人事管理。每一项，朝廷都拿走了一半。
至于“黄教寺院集团在政府中的影响力”这个问题嘛……
嗯，这样吧，咱们以后就不召开什么“噶伦扩大会议”了，名不正言不顺的，对与会的“三大寺”不够尊重嘛！
嗯，为隆重其事，咱们成立一个“大参事会议”，请帮办大臣和摄政做“名誉主任委员”，请一僧一朝的两位正噶伦做“主任委员”，请四位副噶伦和“三大寺”的“堪布”做“副主任委员”。
看，“三大寺”的“堪布”，同噶厦政府的噶伦，名正言顺地平起平坐，这，才是尊重各位活佛的道理嘛！
你问“委员”都是些什么人？哦，这个“大参事会议”的“委员”，包括前藏其余所有黄教寺庙的“堪布”，也包括重要的官员