康熙二十三年重设浙省水师之时，水师提督下辖直属标兵五营，每营千人，另辖左、右路总兵各一员，每路总兵标下辖中、左、右、前四营，每营亦千人，全师总计一万四千余人。不过所谓的右路水师总兵其实统领的是陆师，并无实际的海上作战能力。
康熙二十四年，郑军攻克温州，受此刺激，清廷正式将院右路水师总兵建制移交浙江陆师提督，改陆师温州镇为水师温州镇以防备郑军的重新登陆浙省。水师温州镇之下设左、右两营，并设磐石水师营和玉环水师营，所部总计官兵四千一百二十七员，各式战船五十五只。
康熙二十五年又因为郑军舟山队进袭宁海和海门（注：淑江口）增设了水师海门协，下辖宁海营、海门、太平三营，计副将以下官兵一千九百二十七员，船二十八只。
康熙二十六年初，原浙江水师提督所属左路水师总兵改称定海镇总兵，下辖中、左、右三营，设有游击、守备、千总、把总等官四十四员，兵二千八百四十一人，各式战船四十二只。此外该镇还辖有镇海水师营、昌石水师营，其中镇海水师营驻定海，有兵一千四百员，船二十余只，昌石水师营驻昌国（注：在象山非舟山本岛）、石浦，有官兵五百七十人，船六只。
除了上述二镇一协之外，浙江水师提督还直辖钱塘水师营、太湖水师营、乍浦水师营等部，不过钱塘等三水师营或扼守浙江或驻防太湖，事实上并没有南下参加攻台一役，因此在扣除了留守后方的营兵之后，随着梁鼐跨海征战的浙省水师实际约九千五百余人，战船一百二十只，其余均为封界令后扣留的民船、商船，所用水夫也多为失业的前商船水手。
不过浙江水师虽然建制完整，水手经验丰富，但就三省水师进攻路线来看，比起以澎湖为中继目标的闽粤水师来，直接攻打台湾本岛的浙省水师的进攻距离最长，所需横渡海峡的时间自然也是最久的。
距离远一点，路上耗时多一点倒也算了，但让梁鼐等浙省水师将官不能忍受的是，自海坛出击之后，曾经传入海坛海峡的郑军通报船便再次以附骨之蛆的形式出没在清军船团周围，或以单船或以三、两艘小队的模式反复袭扰清军行程，尽管郑军通报船上的三寸长炮威力微乎其微，但有如牛虻反复叮咬下，清军还是出现了一些失血的症状。
梁鼐也曾命令外围的各营反击郑军通报船的袭扰，但郑军滑不溜手，一见到反击的清军船只立刻利用其纵帆船操纵灵活的特点溜之大吉，清军的反击行动不但没有获得应有的成效，反而因为再次整队耽误了不少时间。
三次一来，梁鼐也弄清楚了郑军的目的，于是下令无视郑军的袭扰仅直开向台湾。但得势不饶人的郑军甚至采取伴随航行的大胆举措，利用清军战船没有侧舷炮火的缺陷在三寸炮的有效打击范围内冲着清军发射霰弹、链弹和炽热弹。只能挨打不能反击的清军战船不是遭到了霰弹的血洗就是被链弹打断了桅杆而停滞下来，更有甚至被炽热弹生生的引燃了船体。
见势不好的梁鼐只好命令各部反击