差地方。另外，部有负责部务的正六品左右丞各一员，司有负责协调职责的正七品司务一员，其下也有书办若干。
各衙门设正三品的会办大臣一员，正四品的协办大臣一员，其下设相当于部属司的局，局设郎中、员外郎，局下设科，科设主事、从事、书办，至于巡官、左右丞、局务也一并设置，只是各级官员的品阶均比各部要低了一等。
审官院、大审院、监察院各设正二品的正卿和正三品的少卿一员，通政院和太医院同样设置正卿和少卿，只不过通政院的正卿、少卿只有正三品和正四品，而太医院的正卿、少卿更是只有从三品和从四品。
相当于原来吏部的审官院，下设文选、差遣、考功、存档等四个厅，分设正四品提举一人，正五品管勾一人。厅下设处，每个处有正六品都事一人，正七品知事两人，从七品以下书办若干。院内同样设置巡官若干，以帮助从事纷繁的政务。
类似大理寺的大审院则在少卿以下设正四品院监一人，从四品院丞两人，主持院务，此外还有十二名正四品的评事，四名正五品的典律，正七品以下的书办若干。一旦出现需要大审院出面的重大案情，由正卿挑选若干评事和至少一名典律组成合议庭，进行审理。
等同于都察院的监察院在少卿以下设立负责监察zhōngyāng及地方的正五品官阶的监察御使二十二人。因为监察御史的人数较多，所以郑克臧特意砍掉了并称“科道”的六科给事中，这样一来监察的责任全部压在了御史的头上，为了让监察院能承担起这副重任，在每名监察御史之下又有四到五员正六品的监察侍御史和相同数目的正七品的监察侍御史里行作为助手。此外，院内同样设负责院务的正四品院监和从四品院丞，管理文书档案的正七品典簿以及正七品至从九品之间的书办若干。
太医院则设立正五品的医宗、从五品的大医师、正六品的一等医师、从六品的二等医师、正七品的一等医士、从七品的二等医士、正八品的三等医士、从八品的一等医生、正九品的二等医生、从九品的三等医生等十个等级的医官，并在民间采用天地良平四个等级区分医生的行医资格，至于院务，同样由院监和院丞等来负责。
在部，院，衙门之上，郑克臧还重新设置了政事堂，政事堂由首相、财相、兵相、律相和内相组成。财相在度支部、盐铁部以及国库、海关、税务诸衙门的尚书、会办大臣中产生；兵相由陆军部和水军部的尚书轮流担任；律相又叫法相，在大审院、监察院和jǐng政、狱政两衙门的主官中挑选；內相则在内大臣中挑选；首相又分平章军国事和参知政事，前者为正，后者为副，各一员，一般参知政事由邮传部、水利部、学部、礼仪院等不出“相”的部院衙门主官出任，至于首相则在年老重臣中选择。平时各相独当一面，最多与首相商议政务，原来明清内阁的票拟权由各相分刮，以避免一人如张居正般独揽大权。但若遇到重大事件及国策拟定或需要多个部之间沟通处理的事情，则由首相召集在御前先召开政事堂会议解决。