船分舰队、戎克捕鲸船分舰队、近海运输船分舰队、桨划船分舰队等， 主要负责在外洋海域训练新晋水师武官和部分水师官兵。
浙海水师另外还下属崇明镇守府、大衢山镇守府、三都澳镇守府和龙骧军第一师， 其中龙骧军第一师第一旅驻宁波、第二旅驻嘉兴、第三旅驻太仓、师统制部和师直属团哨驻松江。
负责福建、东宁、cháo州沿海及东沙、中沙、南沙并纳闽、长岛诸海域巡航的闽台水师下属第三、第四巡洋舰队、第五巡航舰队、第六巡航舰队、第四信报船队、第二军输船队、第四军输船队和纳闽分遣队。
其中第三、第四巡洋舰队与第一、第二巡洋舰队一样各编制三个标准巡洋舰分舰队；第五、第六巡航舰队则各辖三个标准巡航船分舰队；第四信报船队下辖两个标准信报船分舰队；第二、第四军输船队各辖三个标准军输船分舰队；纳闽分遣队则由上述各部抽调舰船、人员组成，负责纳闽、长岛、南沙、中沙等北婆罗洲附近海域巡航任务。
闽台水师另外还下属海坛镇守府、金厦镇守府、澎湖镇守府、南澳镇守府、纳闽镇守府和龙骧军第三师，其中龙骧军第三师主要驻扎在东宁地区，另有一个团左右的兵力rì常轮戍纳闽地区并协助纳闽镇守府、纳闽都护府震慑文莱苏丹国，确保各世袭都总管控制北婆罗洲。
负责广东、广南、琼州、安南、越南、金兰、占城、真腊、暹罗、呔泥、凌牙门、坤甸等海域巡航的西洋水师是原三洋水师中唯一得以保留原来名字的，其下除下辖的珠江内河舰队、金兰舰队湄公河分舰队等内河舰队、分舰队外，该水师还下辖第五巡洋舰队、第二巡航舰队、第三信报船舰队、第五军输船舰队、第七军输船舰队、金兰舰队、海峡舰队。
其中第五巡洋舰舰队同样编制三个标准巡洋舰分舰队；第二巡航舰队则下辖四个标准巡航船分舰队；第三信报船舰队下辖四个标准信报船分舰队；第五军输船舰队下辖三个标准军输船分舰队；第七军输船舰队下辖四个标准军输船分舰队；金兰舰队因为单独负责金兰、占婆至暹罗湾沿海的巡航任务，所以混合编制两个标准的巡航船分舰队、一个标准的军输船分舰队和一个标准的信报船分舰队；海峡舰队同样由两个标准的巡航船分舰队、一个标准的军输船分舰队和一个标准的信报船分舰队组成，负责马六甲以东至蜈蜞屿间海域巡航任务。
经郑克臧亲手计算，完成改编并补充入相应舰船之后的华夏水师将拥有六十位炮的一等巡洋舰十二只、五十二位炮的二等巡洋舰十八只、四十四位炮的一等巡航船三十八只、三十八位炮的二等巡航船三十二只、二十八位炮的三等巡航船二十六只、十二位火炮的一等信报船五十二只、八位火炮的二等信报船八十只、一万五千料（900吨级）以上的重型军输船五十四只，其余如四位火炮的小型信报船、福船、广船、鸟船、沙船及桨帆船、桨划船并走舸、快蟹、长龙等舢板数目数以百计??????
华夏水师尚在接受命令改编，北方清军便抢先一步行动起来。