郑克臧在为日后做着准备，清廷方面也在考虑着未来。如今的清廷虽然占据了大部分的下贝加尔地区，但一来境内还有大量尚未攻克的俄军据点，二来夏俄两国随时可能出现的征讨大军也如高悬在头顶的利剑一般威胁着清廷的未来。不过相比这些还没有爆发出来的外患，内部的矛盾才是清廷最大的危险。
说到清廷的内部矛盾，其实是来自两个方面。
其一，是满蒙之间的矛盾。眼下清廷尚有三万余兵马和包括王公贵族家属在内不足三万人的部众，而随着清廷一起西进的科尔沁六旗加起来也有二万五千骑及六万多部众。从这些数字来看，就算科尔沁六旗眼下的战力不如清廷，但就未来的潜力来说，远在清廷之上，实际上已经出现太阿倒持的现象。更不要说本地投靠过来的巴尔虎、布里亚特、茂明安等部也是蒙古人，几部蒙古人加起来已经对满人占有了绝对的优势，足以让清廷上下对此惶惶不安。
其二，是满人自身的矛盾。由于在伯力屯、同江口的连续失败，禁旅八旗的兵力只剩下四千余人，博果铎、衍潢等人统领的诸王联军也在与俄军的几次交手中折损不少，因为如今超过三分之二的兵权都在允禵手中，臣强主弱的格局进一步强化，让不少人都对此深为警惕。
为了解决这两个关系到清廷最后存续的内部矛盾，同治三年十月十九日，清廷在博尔贾举行了廷议。在廷议上，前吉林将军觉罗杨福提议将科尔沁六旗以外的蒙古人整编为蒙古八旗，由满洲贵胄担任旗主和都统，在蒙古人当中选拔副都统，以强化对其的控制。
“杨福大人这个主意不错。”允佑眉飞色舞的回应道。“眼下已经归附的本地蒙古人已经有五万之众，其中精兵也有万余，若是能就此掌握的话，不但朝廷可以在此立稳脚跟，更有机会杀回黑龙江去，皇上，奴才以为应该立刻推行下去。”
或许是不愿意看见朝廷的实力大增，也或许是洞察了其中另有玄机，允禵阴着脸反问道：“郭尔罗斯旗和科尔沁左翼前旗几乎丢光了部众，两位旗主原本正琢磨着从本地蒙古人中补充一些，若是朝廷将其编为蒙古八旗了，两位旗主方面怎么交代？”
“大将军王这话有道理。”博果铎也跟着说道。“有些部族已经归附了科尔沁左翼中旗和科尔沁右翼前旗，吃下去的肉要让他们吐出来，只怕是不可能的，而且扎赉特旗、杜尔伯特旗也损失不小，正指望着合并几部布里亚特人、茂明安人来挽回损失，朝廷要是虎口夺食的话，只怕要让科尔沁人离心离德啊。”
多罗安郡王马尔浑愤然道：“喂饱了科尔沁人，那不是就压在朝廷头上了吗？”
剑拔弩张的话让场内气氛顿时紧张起来，于是前黑龙江将军觉罗孟俄洛提出一个折中的建议：“奴才以为或可以将科尔沁六旗及本地蒙古人混编为蒙古八旗，其中科尔沁左翼中旗改为蒙古正黄旗、科尔沁右翼前旗改为蒙古正白旗、杜尔伯特旗改为蒙古正红旗、扎赉特旗改为蒙古正蓝旗，上述四旗旗主兼任都统，朝廷派一副都统居间联络，其余具由