东汉九卿之长均加“卿”字，其秩皆中二千石。此外，东汉九卿与西汉不同者还有：
（一）“光禄勋”设中郎将（五官中郎将，左中郎将，右中郎将，虎贲中郎将，羽林中郎将。东汉末还有东、北、西、南中郎将）。
（二）“少府”设尚书令一人（秩千石）、尚书仆射一人（秩六百石）、尚书6人（秩六百石）。“尚书”在西汉成帝时，初分四曹：常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹（一说五曹，多一个三公曹），东汉初分为六曹：改常侍曹为吏曹，又把主客曹分为“南主客曹”与“北主客曹”。“尚书”又设左右丞2人（秩四百石），《后汉书?百官三》载：“掌录文书期会，左丞主吏民章报及驺伯史。右丞假署印绶，及纸笔墨诸财用库藏”；侍郎36人，每曹6人（秩四百石），掌作文书起草；令史18人，每曹3人（秩二百石），后增剧曹3人，合为21人。可见尚书组织之庞大。
从表面上看，东汉的中央职权，似乎是三公、九卿在行使，其实并不如此，实际的权力掌握在尚书台手中，所谓“三公”只不过是充当傀儡而已，虽然他们分管了九卿，但都不能发号施令。《后汉书?仲长统传?法诫篇》说：光武皇帝，愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，政归台阁（即尚书台），自此以来，三公之职，备员而已。
东汉中央官制与西汉官制最突出的区别，就在于尚书台的组织。尚书之官称创始于秦代。不过在秦时，所谓尚书，只是少府的属吏，其任务仅仅主管在朝中传达诏令，当时皆以文人为之，至汉武帝改尚书为中书，以宦官任之。成帝时，再恢复尚书旧名，尚书的由来虽然已久，但至西汉末，在中央政府中并不重要，只不过是宫廷收发而已，地位极低。至东汉光武帝，为了推行绝对的独裁政治，对于自己钦命的三公，也不信任，把国家的大权全部集中到自己手中。为了处理政务，那些侍从左右的尚书，便是他最好的助手。自此以后，尚书的权威日益高涨。《通考?职官考》云：至后汉，则（尚书）为优重，出纳王命，敷奏万机，盖政令之所由宣，选举之所由定，罪赏之所由正，斯乃文昌天府，众务渊薮，内外所折衷，远近所禀仰。非常清楚，所谓尚书台，就是皇帝宫廷的办公厅。这是实现中央集权政治一种必要的政治机构。因而宫廷的办公室就取代了中央政府，而皇帝的侍从也就一跃而居于三公之上。于是，尚书就由事务官变为政务官了。因为尚书事权极重，所以当时称之为“政归台阁”。所谓“台阁”，就是指宫廷办事处的意思。尚书台的组织系统如下
比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。
大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。《通考?职官考》云：
自安帝，政