日本尚未签署投降书时美国国务院和麦克阿瑟通过往来电报和信使就已经达成一致意见确定了美国政府的对日政策。8月29日一份名为《日本投降后初期美国对日政策》给前往日本途中的麦克阿瑟。该文件声称美国对日本的终极目标是：……确保日本今后不再成为美国的威胁不再成为世界和平与安全的威胁最终建立一个和平与负责的政府该政府将尊重他国的权利……盟国并无责任强加给日本以任何形式的、未得到人民自由表达的意志支持的政府……鉴于日本社会当前的形势以及美国希望使用最低限度的军队和资源达到其目的最高统帅将通过包括天皇在内的日本政府机关团体行使其权力……这一政策旨在利用日本现存的政府形式而不是支持它。
正是根据这项政策麦克阿瑟开始执行他改造日本的计划：解除武装惩办战犯进行土地改革解散财阀实行宗教、出版自由解除党禁改革教育制度解放劳工和妇女。一方面将旧日本种种丑恶落后的特征消灭干净一方面为新日本的民主化培植基础。
麦克阿瑟面临的要任务就是使日本非军事化解除日军的武装。战争结束时日本有近7oo万军队需要遣散其中在海外的有4oo余万。麦克阿瑟通过撤消原日本6海军省后新设立的第一、第二复员省用了一年多的时间才完成这项工作。销毁日本军事装备的任务是由驻日的美国第8集团军和中国第49集团军来完成的。他们用了几个月的时间去寻找能现的所有武器炸毁了弹药库烧掉了飞机把步兵武器扔入大海或者运送到中国关闭军工厂并将部分设备作为象征性赔偿交给中国和苏俄摧毁海军基地和军用机场等军事设施总值达数十亿美元。
与这项解散6海军和解除武装同时进行的还有清洗军国主义分子的措施。1946年1月4日盟军总司令部向日本政府提交了一份清洗计划列举了要求“罢免和清洗”的七类人：第一类为战犯；第二类为职业军人和6海军部特别警察和官吏；第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员；第四类为参与大政翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要分子；第五类为同日本扩张有关的金融机构和开机构成员；第六类为占领地行政长官；第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免去公职剥夺其竞选议员的资格以排除其对政治的影响。这次清洗涉及人数约22万人其中18万为旧军人。同时约13oo个国家主义的而且是军国主义的团体、组织被解散了甚至旧军人的遗属领取抚恤金的权利也被剥夺了。
在这一系列铲除日本军国主义势力的措施中最引人注目的就是逮捕与审判战争罪犯了。
9月8日麦克阿瑟在美国第1骑兵师的8ooo名官兵的陪同下进驻东京随即展开了逮捕战犯嫌疑人的工作。
早在1944年11月美国就指令同盟国战争罪行调查委员会远东太平洋小委员会在重庆制定日本战犯嫌疑人名单。该委员会于1945年9月7日列出了总计342名日本战犯嫌疑人名单。不过该名单是按照与同盟国战争罪行调查委